સુપ્રીમ કોર્ટમાં મદરેસા શિક્ષણ પ્રણાલીના મામલામાં સુનાવણી દરમિયાન ઉત્તર પ્રદેશ સરકારે કહ્યું છે કે મદરેસામાંથી સ્નાતક થયેલા બાળકો માત્ર તે જ નોકરી માટે લાયક છે જેમાં 10મી-12મી લાયકાતની જરૂર હોય છે. નેશનલ કમિશન ફોર પ્રોટેક્શન ઓફ ચાઈલ્ડ રાઈટ્સ (NCPCR) એ કહ્યું કે મદરેસાઓમાં આપવામાં આવતું શિક્ષણ વ્યાપક નથી. અને કટ્ટરતાને પ્રોત્સાહન આપે છે.
યુપી મદરસા કેસમાં સુપ્રીમ કોર્ટમાં દાખલ કરવામાં આવેલી અરજીમાં NCPCRએ કહ્યું છે કે મદરસામાં આપવામાં આવતું શિક્ષણ વ્યાપક નથી. તેથી તે શિક્ષણના અધિકારની વિરુદ્ધ છે. આવી ઘણી વસ્તુઓ પણ અહીં શીખવવામાં આવે છે, જે બાળકોને અન્ય ધર્મો પ્રત્યે ઉદાર વલણ અપનાવવાથી રોકી રહી છે અને તેમને કટ્ટરતા તરફ ધકેલી રહી છે. દેશના મોટાભાગના મદરેસા બોર્ડ NCERT અભ્યાસક્રમને અનુસરે છે. જેમાં ગણિત, વિજ્ઞાન, હિન્દી, અંગ્રેજી, સમાજશાસ્ત્ર જેવા વિષયો ભણાવવામાં આવે છે.

મદરેસામાં આપવામાં આવેલી શિક્ષણ પ્રણાલી અનુસાર, અહીંના વિદ્યાર્થીઓ મૌલવી બનવા માટે 10મા ધોરણ સુધી, આલિમ માટે 12મા ધોરણ સુધી, કામિલ માટે ગ્રેજ્યુએશન અને ફાઝિલ માટે માસ્ટર ડિગ્રી સુધી શિક્ષણ લે છે. ચેરિટેબલ મદરેસા દરસે નિઝામી અરબી, ઉર્દૂ અને ફારસી માધ્યમમાં શિક્ષણ આપે છે. જ્યારે મદરેસા દર્શા આલિયામાં NCERT પુસ્તકો ભણાવવામાં આવે છે.
એનસીપીસીઆરએ યુપીના મદરેસા એક્ટને ગેરબંધારણીય જાહેર કરવાના અલ્હાબાદ હાઈકોર્ટના નિર્ણય સામે સુપ્રીમ કોર્ટમાં અરજી દાખલ કરી છે, જેની સુનાવણી કરતા જસ્ટિસ વિવેક ચૌધરી અને જસ્ટિસ સુભાષ વિદ્યાર્થીની બેંચે યુપી સરકારને મદરેસાના વિદ્યાર્થીઓને યુપી પ્રાઈમરીમાંથી પસાર થવાની મંજૂરી આપવા જણાવ્યું હતું હાઈસ્કૂલ અને ઈન્ટરમીડિયેટ એજ્યુકેશન બોર્ડ હેઠળ માન્ય નિયમિત શાળાઓમાં એડજસ્ટ કરવા સૂચના આપવામાં આવી છે.

